Index

A B C D E F G H I L M N O P Q R S T U V
Alle Klassen und Schnittstellen|Alle Packages

A

accession() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.AnalysisSoftware

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente accession zurück.

accession() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.CvParameter

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente accession zurück.

accession() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente accession zurück.

addFileInputOption(Options) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.CmdLineParser

addHelpOption(Options) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.CmdLineParser

addOutputToFileOption(Options) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.CmdLineParser

addVersionOption(Options) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.CmdLineParser

analysisSoftware() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Metadata

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente analysisSoftware zurück.

AnalysisSoftware - Datensatzklasse in org.lifstools.jmzqc

Base element for a term that is defined in a controlled vocabulary, with OPTIONAL value.

AnalysisSoftware(String, String, String, Object, URI, String) - Konstruktor für Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.AnalysisSoftware

Erstellt eine Instanz einer Datensatzklasse AnalysisSoftware.

B

BaseQuality - Datensatzklasse in org.lifstools.jmzqc

Element containing metadata and qualityMetrics for a single run.

BaseQuality(Metadata, List<QualityMetric>) - Konstruktor für Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.BaseQuality

Erstellt eine Instanz einer Datensatzklasse BaseQuality.

C

CmdLineParser - Klasse in org.lifstools.jmzqc

Create a new command line parser for parsing of lipid names.

CmdLineParser() - Konstruktor für Klasse org.lifstools.jmzqc.CmdLineParser

contactAddress() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente contactAddress zurück.

contactName() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente contactName zurück.

controlledVocabularies() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente controlledVocabularies zurück.

ControlledVocabulary - Datensatzklasse in org.lifstools.jmzqc

Element describing a controlled vocabulary used to refer to the source of the used CV terms in qualityMetric objects (and others).

ControlledVocabulary(String, URI, String) - Konstruktor für Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.ControlledVocabulary

Erstellt eine Instanz einer Datensatzklasse ControlledVocabulary.

Converter - Klasse in org.lifstools.jmzqc

Provides convenience functions to parse date and time strings and to serialize and deserialize mzQC from and to a variety of sources.

Converter() - Konstruktor für Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Coordinate - Datensatzklasse in org.lifstools.jmzqc

JSON schema specifying the mzQC format v1.0.0 developed by the HUPO-PSI Quality Control working group (http://psidev.info/groups/quality-control).

Coordinate(MzQC) - Konstruktor für Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Coordinate

Erstellt eine Instanz einer Datensatzklasse Coordinate.

creationDate() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente creationDate zurück.

CvParameter - Datensatzklasse in org.lifstools.jmzqc

Base element for a term that is defined in a controlled vocabulary, with OPTIONAL value.

CvParameter(String, String, String, Object) - Konstruktor für Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.CvParameter

Erstellt eine Instanz einer Datensatzklasse CvParameter.

cvParameterArrayValue() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Unit

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente cvParameterArrayValue zurück.

cvParameters() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Metadata

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente cvParameters zurück.

cvParameterValue() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Unit

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente cvParameterValue zurück.

D

description() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.AnalysisSoftware

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente description zurück.

description() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.CvParameter

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente description zurück.

description() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente description zurück.

description() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente description zurück.

E

equals(Object) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.AnalysisSoftware

Gibt an, ob ein anderes Objekt diesem gleich ("equal to") ist.

equals(Object) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.BaseQuality

Gibt an, ob ein anderes Objekt diesem gleich ("equal to") ist.

equals(Object) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.ControlledVocabulary

Gibt an, ob ein anderes Objekt diesem gleich ("equal to") ist.

equals(Object) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Coordinate

Gibt an, ob ein anderes Objekt diesem gleich ("equal to") ist.

equals(Object) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.CvParameter

Gibt an, ob ein anderes Objekt diesem gleich ("equal to") ist.

equals(Object) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.InputFile

Gibt an, ob ein anderes Objekt diesem gleich ("equal to") ist.

equals(Object) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Metadata

Gibt an, ob ein anderes Objekt diesem gleich ("equal to") ist.

equals(Object) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Gibt an, ob ein anderes Objekt diesem gleich ("equal to") ist.

equals(Object) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

Gibt an, ob ein anderes Objekt diesem gleich ("equal to") ist.

equals(Object) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Unit

Gibt an, ob ein anderes Objekt diesem gleich ("equal to") ist.

F

fileFormat() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.InputFile

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente fileFormat zurück.

fileProperties() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.InputFile

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente fileProperties zurück.

G

getRunQualityMetrics(int) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Returns a reference to the internal list of quality metrics for the given run.

getRunQualityMetricsByAccession(int, String) - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Returns a reference to the internal list of quality metrics for the given run.

H

hashCode() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.AnalysisSoftware

Gibt einen Hashcodewert für diese Objekt zurück.

hashCode() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.BaseQuality

Gibt einen Hashcodewert für diese Objekt zurück.

hashCode() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.ControlledVocabulary

Gibt einen Hashcodewert für diese Objekt zurück.

hashCode() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Coordinate

Gibt einen Hashcodewert für diese Objekt zurück.

hashCode() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.CvParameter

Gibt einen Hashcodewert für diese Objekt zurück.

hashCode() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.InputFile

Gibt einen Hashcodewert für diese Objekt zurück.

hashCode() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Metadata

Gibt einen Hashcodewert für diese Objekt zurück.

hashCode() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Gibt einen Hashcodewert für diese Objekt zurück.

hashCode() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

Gibt einen Hashcodewert für diese Objekt zurück.

hashCode() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Unit

Gibt einen Hashcodewert für diese Objekt zurück.

I

InputFile - Datensatzklasse in org.lifstools.jmzqc

Input file used to generate the QC metrics.

InputFile(CvParameter, List<CvParameter>, URI, String) - Konstruktor für Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.InputFile

Erstellt eine Instanz einer Datensatzklasse InputFile.

inputFiles() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Metadata

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente inputFiles zurück.

L

label() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Metadata

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente label zurück.

location() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.InputFile

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente location zurück.

M

main(String[]) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.CmdLineParser

Runs the command line validation for jmzqc.

metadata() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.BaseQuality

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente metadata zurück.

Metadata - Datensatzklasse in org.lifstools.jmzqc

Metadata describing the QC analysis.

Metadata(List<AnalysisSoftware>, List<CvParameter>, List<InputFile>, String) - Konstruktor für Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Metadata

Erstellt eine Instanz einer Datensatzklasse Metadata.

mzQC() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Coordinate

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente mzQC zurück.

MzQC - Datensatzklasse in org.lifstools.jmzqc

Root element of an mzQC file.

MzQC(String, String, List<ControlledVocabulary>, OffsetDateTime, String, List<BaseQuality>, List<BaseQuality>, String) - Konstruktor für Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Erstellt eine Instanz einer Datensatzklasse MzQC.

N

name() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.AnalysisSoftware

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente name zurück.

name() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.ControlledVocabulary

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente name zurück.

name() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.CvParameter

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente name zurück.

name() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.InputFile

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente name zurück.

name() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente name zurück.

O

of(File) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Return a Coordinate holding an MzQC object from a file.

of(String) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Return a Coordinate holding an MzQC object from a string holding the JSON representation of an mzQC data.

of(URL) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Return a Coordinate holding an MzQC object from a URL.

org.lifstools.jmzqc - Package org.lifstools.jmzqc

Base package for MzQC Java implementation.

P

parseDateTimeString(String) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Parse a date and time string using the default date and time formatter.

parseTimeString(String) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Parse a time string using the default time formatter.

Q

QualityMetric - Datensatzklasse in org.lifstools.jmzqc

Element containing the value and description of a QC metric defined in a controlled vocabulary.

QualityMetric(String, String, String, Object, Unit) - Konstruktor für Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

Erstellt eine Instanz einer Datensatzklasse QualityMetric.

qualityMetrics() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.BaseQuality

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente qualityMetrics zurück.

R

runQualities() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente runQualities zurück.

S

setQualities() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente setQualities zurück.

T

toDouble() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

toInteger() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

toJsonFile(MzQC, File) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Serialize the MzQC object to a file containing the data as a JSON string.

toJsonString(MzQC) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Serialize the MzQC object to a JSON string.

toLong() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

toString() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.AnalysisSoftware

Gibt eine Zeichenfolgendarstellung dieser Datensatzklasse zurück.

toString() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.BaseQuality

Gibt eine Zeichenfolgendarstellung dieser Datensatzklasse zurück.

toString() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.ControlledVocabulary

Gibt eine Zeichenfolgendarstellung dieser Datensatzklasse zurück.

toString() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Coordinate

Gibt eine Zeichenfolgendarstellung dieser Datensatzklasse zurück.

toString() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.CvParameter

Gibt eine Zeichenfolgendarstellung dieser Datensatzklasse zurück.

toString() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.InputFile

Gibt eine Zeichenfolgendarstellung dieser Datensatzklasse zurück.

toString() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Metadata

Gibt eine Zeichenfolgendarstellung dieser Datensatzklasse zurück.

toString() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Gibt eine Zeichenfolgendarstellung dieser Datensatzklasse zurück.

toString() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

Gibt eine Zeichenfolgendarstellung dieser Datensatzklasse zurück.

toString() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Unit

Gibt eine Zeichenfolgendarstellung dieser Datensatzklasse zurück.

U

unit() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente unit zurück.

Unit - Datensatzklasse in org.lifstools.jmzqc

One or more controlled vocabulary elements describing the unit of the metric.

Unit(CvParameter, List<CvParameter>) - Konstruktor für Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.Unit

Erstellt eine Instanz einer Datensatzklasse Unit.

uri() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.AnalysisSoftware

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente uri zurück.

uri() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.ControlledVocabulary

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente uri zurück.

V

validate(File) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Validate a mzQC JSON file.

validate(String) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Validate a mzQC JSON string.

validate(URL) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Validate a mzQC JSON URL.

validate(MzQC) - Statische Methode in Klasse org.lifstools.jmzqc.Converter

Validate a mzQC Object.

value() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.AnalysisSoftware

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente value zurück.

value() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.CvParameter

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente value zurück.

value() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.QualityMetric

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente value zurück.

version() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.AnalysisSoftware

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente version zurück.

version() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.ControlledVocabulary

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente version zurück.

version() - Methode in Datensatzklasse org.lifstools.jmzqc.MzQC

Gibt den Wert für die Datensatzkomponente version zurück.

A B C D E F G H I L M N O P Q R S T U V
Alle Klassen und Schnittstellen|Alle Packages